Император Феодосий назначил собор в Ефесе в самый день Пятидесятницы 431 г. Это был Третий Вселенский Собор.
В Ефес прибыли Кирилл с 40 египетскими епископами, Ювеналий иерусалимский и палестинскими епископами, Фирм, еп. Кесарии каппадокийской, Флавиан фессалоникийский. Прибыл и Несторий с 10 епископами и два высших чиновника, друзья Нестория. Первый Кандидиан, как представитель императора, второй Ириней— просто как расположенный к Несторию. Не было только Иоанна Антиохийского и папских легатов.
По прошествии 16 дней срока, назначенного императором для открытия собора, Кирилл решился открыть собор, не дожидаясь отсутствующих. Чиновник Кандидиан протестовал против этого и послал донос в Константинополь.
Первое заседание было 22 июня в церкви Богородицы. Нестория приглашали на собор три раза. Но в первый раз он дал ответ неопределенный, второй раз отвечал, что придет когда все епископы съедутся, а в третий — даже не выслушал приглашения. Тогда собор решил рассмотреть дело Нестория без него, который нечестиво учил, будто Пресвятая Богородица родила простого человека Христа, с Которым потом Бог соединился нравственно, обитал в Нем, как в храме подобно тому как прежде обитал в Моисее и других пророках. Потому и Пресвятую Деву называл христородицею, а не Богородицей. Собор осудил и отверг эту ересь и постановил исповедовать Иисуса Христа совершенным Богом и совершенным Человеком, а Пресвятую Деву Марию — Богородицей.
На Соборе присутствовало 200 епископов.

Игорь Чернозатонский