Для ведения дел, находившихся в компетенции обер-прокурора Синода, была учреждена Канцелярия обер-прокурора Синода. Ей предшествовало Отделение по делам греко-российского исповедания, находившееся в составе Департамента духовных дел министерства духовных дел и народного просвещения.
Канцелярия осуществляла подготовку законопроектов по церковным вопросам, вела дела Синода с верховной властью и другими ведомствами, составляла ежегодные отчёты по Ведомству православного исповедания, рассматривала донесения епархиальных властей, дела о церковных имуществах, доходах и расходах, о строительстве и ремонте церковных зданий, о деятельности синодальных типографий, о снабжении церквей, монастырей и духовных учебных заведений различным имуществом, ведала службой чиновников учреждений духовного ведомства, наградами и пенсиями духовенства, рассмотрением жалоб прихожан на священников и приходского духовенства на епархиальные власти, дел о проступках духовенства, о переходе из одного исповедания в другое, а также о перемене фамилии и выдаче метрик.
Консультация при обер-прокуроре рассматривала с юридической точки зрения спорные дела о церковных имуществах, о проступках духовенства, брачные и бракоразводные дела.
В 1917 г. Канцелярия обер-прокурора Синода прекратила своё существование.

Игорь Чернозатонский