Выпускник Морского кадетского корпуса В.Меркушов начинает службу на Балтике, где его назначают на подводную лодку «Сиг» "для обучения подводному плаванию". После обучения получает звание офицера подводного плавания, впервые тогда введенное на флоте и присвоенное 68 человекам. В декабре 1908 года во Владивостоке, командуя подводной лодкой «Кефаль», В.Меркушов участвовал в уникальном эксперименте – погружении под лед Амурского залива.

В декабре 1912 года В.Меркушов получил в командование подводную лодку «Окунь» и на ней начал Первую мировую войну, став одним из самых известных командиров-подводников Балтийского флота. 21 мая 1915 года, находясь в Балтийском море, «Окунь» встретил соединение немецких кораблей, шедших в охранении миноносцев. Преодолев охранение, «Окунь» атаковал один из кораблей, который, обнаружив лодку, пытался её таранить. «Окунь» успел дать торпедный залп и погрузиться, хотя был сильно помят корпусом немецкого корабля. За эту атаку, вынудившую неприятельские корабли к отходу, командир лодки был удостоен ордена Св.Георгия 4-й степени, а команда – Георгиевских крестов той же степени. В июне 1915 года близ Виндавы «Окунь» атаковал немецкий крейсер «Аугсбург», за что лейтенант Меркушов был награжден Георгиевским оружием и Кавалерским крестом французского ордена Почетного Легиона.

Дальнейшей службе на подводных лодках Меркушову помешала полученная при таране «Окуня» травма позвоночника. Первая мировая война заканчивается для него 25 февраля 1918 года в Ревельском укрепленном районе, в этот день сданном немцам. Сам он после сдачи крепости остается в Ревеле, а после заключения Брестского мира перебирается в Одессу. Осенью 1918 года В.Меркушов уже в Севастополе, в составе добровольческих частей участвует в освобождении Одессы от петлюровцев, а в 1919 году участвует в десанте у Сухого лимана и взятии Одессы Вооруженными Силами Юга России. В ноябре 1920 года на пароходе «Харакс» Меркушов эвакуировал из Керчи донских казаков. В марте 1921 года в Константинополе служба 36-летнего капитана в русском военном флоте закончилась.

В ноябре 1922 года Меркушов, командуя буксиром «Скиф», принял участие в перегоне русских тральщиков и буксиров, реквизированных французским правительством, из Константинополя в Марсель. Так он попадает во Францию. Первые годы эмиграции Василий Александрович провёл неподалеку от Лиона, где был рабочим кабельного завода. Потом обосновался в Париже, жил, преодолевая прогрессирующие болезни; к концу жизни с трудом передвигался и ослеп на один глаз.

В эмиграции Меркушов написал две книги – «Подводники. (Очерки из жизни русского подводного флота 1905 — 1914 гг.)» и «Дневник подводника». О масштабах работы говорит такой факт: машинопись трех томов «Дневника подводника» насчитывала 1983 страницы, не считая карт, планов, текстовых приложений. А была еще и третья рукопись – «Агония Ревеля» (о событиях февраля 1918 г.). Но ни одна из этих книг не была издана за рубежом. В.А.Меркушов также сотрудничал с русским военно-морским журналом «Часовой», издававшимся в Париже. В нём имеется 41 его прижизненная публикация и несколько материалов, опубликованных после смерти. Кроме того, с 1927 года статьи Меркушова появлялись в парижских газетах «Возрождение» и «Русский инвалид», а с 1947-го – в «Русской мысли».