Рожден был Карен 14 июля 1975 года в Моздоке (Северная Осетия). Среднее образование получил там же.

В 1993 году был призван в Российскую армию. Служил недалеко от Владикавказа.

С декабря 1994 года воевал в Чечне. Отличился, проявив героизм и бесстрашие в схватках, проходивших прямо на улицах во время штурма чеченской столицы. В серьезной схватке 1 января 1995 года танк, в экипаж которого входил Карен Шишкин, оказывал помощь мотострелкам. Боевики вывели во время боя танк из строя, Карен при этом был серьезно ранен. Однако, собрав волю в кулак, Шишкин продолжал сражаться. Затем он смог отогнать свой подбитый танк с дороги, очистив путь для других танков из своего подразделения. Танк загорелся. Карен пытался выбраться из пылающего танка, но тут его жизненный путь прервала пуля бандитского снайпера.

Упокоен на погосте на территории родного города Моздока.

15 мая 1995 года вышел Указ, согласно которому Шишкин Карен Владимирович получил высокое звание Героя России посмертно.